Contrairement à ce que tu sembles croire, la notion de congruence n'est pas très difficile à appréhender. Ce qui l'est un peu à la limite, ce sont les notations.
Les congruences, ça vient d'un principe simple : Quand on veux comparer les choses, il est souvent utile de les classer selon des critères. Alors ensuite, on dira que deux choses sont identiques quand elles vérifient les même critères.
Par exemple, si l'on étudie la taille des adultes Français, tout les français qui seront de même tailles seront "identifiés" entre eux dans l'étude. On aura alors plusieurs
classes de Français : Ceux qui mesurent 1m70, ceux qui mesurent 1m80, ceux qui mesurent 1m68, etc...
Ce principe se retrouve aussi en maths. Quand on étudie les nombres, il est souvent utile d'en mettre certains dans un même panier, puis de travailler sur ce panier tout entier au lieu de travailler sur chaque nombre séparément.
Lorsque l'on travaille avec la divisibilité, un des paniers utile qu'on peut créer est celui où l'on réunit tout ceux qui ont le même reste dans la division par un certain nombre. C'est ce que font les congruences : On dit que deux nombres sont congrus entre eux modulo n s'ils ont le même reste dans la division par n, ou de manière équivalente, si leur différence est divisible par n, mais c'est plutôt la première définition qu'il faut retenir (l'idéal étant bien sûr de retenir les deux et de comprendre pourquoi elles sont équivalentes).
Cette idée de paniers, ou plutôt de classes (c'est le nom mathématique exact) se retrouve un peu partout, et en particulier, chez les angles.
Tu dois savoir depuis tes premiers pas avec les angles, qu'un angle est défini à un tour près (à 2pi près). Autrement dit, si je prends un angle et que je lui rajoute 2pi, je retombe sur le même angle. De façon assez naturelle, on a alors envie de dire que tous les angles qui diffèrent de 2pi sont égaux, sauf qu'on dira "congru" plutôt que "égaux" (et on écrit

plutôt que =, pour ne pas confondre cette égalité entre des classes avec l'égalité usuelle entre les nombres)
Ainsi, si l'on écrit que 5pi = 3pi [2pi], c'est simplement parce que les deux angles de mesure 5pi et 3pi sont en fait les mêmes angles.