Je suis ingénieur en bioinformatique, et j'ai un petit problème pour choisir le test statistique le plus approprié au problème que je rencontre.
J'ai une liste de gènes dintérêts composée de 504 gènes. Parmi ceux là, 489 sont ciblés par un petit ARN soit 97%.
Dans le but de voir si ma liste de gène est enrichie en cibles de petits ARN, je fais la même analyse sur l'ensemble des gènes, c'est à dire 7140 ( les 504 sont tous inclus dans les 7140). Dans ce cas là, 1200 gènes sur les 7140 sont ciblés par des petits ARN soit 17% .
Je veux montrer que l'enrichissement en cible de petits ARN dans mon set de gènes (509) est statistiquement significatif comparé à l'ensemble des gènes (7140).
J'ai donc choisi de faire un tes hypergéométrique; pensez vous que ce test soit approprié ?
Pour ceux qui connaissent R, j'ai fait comme ceci :
- Code: Tout sélectionner
phyper(489,1200,5940,504,lower.tail=F)
Ainsi, on calcule la proba que la variable aléatoire prenne des valeurs supérieures à 489 ? Pensez vous que j'utilise le test approprié ? Si pvalue < 0.05, alors je peux conclure que l'enrichissement dans ma liste de gènes d'interet est statistiquement significatif ?